كانت تدار العملية التعليمة من خلال مكاتب التعليم التابعة لمديرية النيل الأزرق التي عاصمتها ودمدني وذلك للفترة من الاستقلال والي عهد مايو1969م

واستمر الوضع حتي تم تغير النظام القديم إلي السلم التعليمي الجديد الذي تزامن وتنفيذ اتفاقية السلام بأديس أبابا

والتي تم بموجبها توزيع السودان إلي تسع أقاليم أدارية وكانت حدود ولاية سنار الحالية تقع ضمن الإقليم الأوسط الموزع إلي ثلاثة مديريات هي الجزيرة والنيل الأبيض والنيل الأزرق ثم إلي محافظات مقسمة إلي مستويات حكم ادني تسمي بالمناطق وكانت منطقة شمال الفونج بها المناطق الإدارية الشمالية سنار والشرقية السوكي والجنوبي الشرقي الدندر والمنطقة الغربية سنجة والمنطقة الجنوبية الغربية ابوحجار وكان في كل هذه المناطق مكاتب للتربية والتعليم واستمر هذا الوضع إلي عام 1994 م الذي تم فيه تغير نظام الحكم إلي فيدرالي .

بموجب المرسوم الدستوري رقم ( ) لسنة 1994م تم إنشاء ولاية سنار وعاصمتها مدينة سنجة وتضم كل المناطق السابقة وكانت وزارة التربية والتعليم احد الوزارات الرئيسة في تكوين الوزارات الخدمية بالولاية وبموجب قانون الوزارة رقم ( ) لسنة 1995م تم تسمية ثلاثة محليات وهي سنار وسنجه والدندر ومقسمة كذلك إلي مستويات حكم ادني كوحدات إدارية

ثم تتابع العمل علي تقصير الظل الادارى في عام 2007م بتقسيم المحليات الثلاثة إلي ست محليات ثم سبعة محليات تعمل الآن وبوجود مكاتب للتربية والتعليم تدار عبر مدير للتعليم الأساسي أو الثانوي